El Tribunal Económico-Administrativo Central vuelve a lanzar un aviso claro a empresas y despachos fiscales: la deducción del IVA no depende solo de tener la factura, sino de haberla registrado en el SII antes de que empiece una comprobación. Así lo confirma la resolución n.º 3742/2024, de 27 de octubre de 2025, que consolida una línea doctrinal cada vez más exigente con las obligaciones formales.
El pronunciamiento llega a raíz de una inspección a un grupo de entidades en la que la Agencia Tributaria eliminó determinadas cuotas de IVA soportado declaradas en el modelo 322. El motivo no fue la inexistencia de las facturas, sino que no constaban anotadas en el Suministro Inmediato de Información (SII) cuando se iniciaron las actuaciones inspectoras.
Las facturas se incorporaron al sistema durante la inspección, pero para el TEAC ese registro tardío no altera el resultado: el momento clave es el inicio de la comprobación, no su final.
El núcleo de la resolución está en el artículo 99.3 de la Ley del IVA. El TEAC recuerda que, cuando existe requerimiento o actuación inspectora, solo pueden deducirse en la regularización las cuotas que ya estuvieran debidamente registradas. Las que no lo estén quedan fuera de esa liquidación, aunque el derecho a deducir no desaparece y puede ejercerse más adelante, dentro del plazo legal de cuatro años.
Para los obligados al SII, el Tribunal es especialmente tajante: no suministrar la información equivale a no llevar el libro registro, con las consecuencias que ello tiene en una inspección.
Uno de los mensajes más relevantes para la práctica diaria es que regularizar el SII durante la inspección no salva la deducción en ese procedimiento. Desde la óptica del TEAC, permitirlo vaciaría de contenido el artículo 99.3 de la LIVA y convertiría el cumplimiento previo en una formalidad prescindible.
El criterio no se aplica de forma absoluta. El TEAC mantiene una posición más flexible en operaciones sin riesgo recaudatorio, como las adquisiciones intracomunitarias, la inversión del sujeto pasivo o el IVA a la importación diferido. En estos casos, la falta de registro previo no justifica, por sí sola, la pérdida del derecho a deducir.
La resolución refuerza una idea que los despachos ya perciben en la práctica: el SII no es un mero sistema informativo, sino un requisito determinante del derecho a deducir en sede inspectora. Un retraso en el registro puede no eliminar el IVA soportado, pero sí desplazar su deducción fuera del procedimiento de comprobación, con impacto directo en la regularización y en la tesorería del cliente.
Para el asesor fiscal, el mensaje es claro: la gestión del SII forma parte de la estrategia defensiva ante una inspección. No basta con corregir errores cuando llega el requerimiento. Cuando la Inspección llama a la puerta, el margen de maniobra ya es mucho más estrecho.
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